Struktur organisasi Universitas Web Kampus terdiri dari Rektor, Wakil Rektor, Senat Akademik, Biro Administrasi, serta fakultas-fakultas di bawah koordinasinya.
- Rektor — pimpinan tertinggi universitas
- Wakil Rektor I — bidang akademik
- Wakil Rektor II — bidang umum dan keuangan
- Wakil Rektor III — bidang kemahasiswaan dan alumni